冷藏集裝箱內的冷風，由格柵流到本體內，穿過或環繞其中的貨物，再從集裝箱的天花板下面流回。循環風機使風吹過空氣冷卻器，同時流過制冷回路的蒸發器，然后經格柵流入貨物堆中。

經過預冷的低溫貨物只要有空氣環繞即可，因為貨物本身不需散發熱量。只需將從外界通過隔熱層漏入冷藏集裝箱的熱量帶走。但是在運輸水果和蔬菜時，冷風要穿過貨物，因為其內部會產生成熟熱，這部分熱量應該散發。為了在運輸低溫貨物時確保冷風能環繞貨物流動，并在運輸水果時氣流不致短路，冷藏集裝箱的內壁一般都設有卷邊，貨物堆到集裝箱的墻壁部分時，留出了冷風通道，以便帶走外部滲入的熱量。

冷藏集裝箱現在采用的換氣率約為：在運輸低溫貨物時為30～40次/ｈ；運輸水果時為60~80次/ｈ。循環風機的壓差（壓出壓力與吸入壓力之差）在通常堆放時為12~25ｍｍＨ2Ｏ（120～250Pa）；根據堆放方式，電網頻率和新風閥的開度，也可采用其他數值。在冷藏集裝箱中堆放貨物時，應保證不阻塞氣流，貨物的堆高不超過紅色“貨物極限線”，還要防止冷風經門前的空間短路（這里應采用格柵通過相應的措施堵住）。當冷藏集裝箱在隔離室中裝貨時，應將集裝箱進行預冷，使打開后的門前的溫度與集裝箱內的溫度大致相等。否則，在集裝箱開門時，經預冷的集裝箱壁上會有凝水積聚，從而會損壞貨物。

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